计算机工程系主要承担计算机科学与技术专业和网络工程专业的建设与管理工作。目前计算机科学与技术专业与天津东软睿道教育信息技术有限公司、软通动力信息技术（集团）有限公司共建实施嵌入式人才培养。网络工程专业与上海智翔信息科技发展有限公司、中兴软件技术(济南)有限公司共建实施嵌入式人才培养。目前在校学生规模达到600余人，共设有16个行政班级。
计算机工程系现有专任教师30名，博士（含在读博士）5名，硕士25名，其中副高以上职称教师6名，中级职称教师14名，是一支具有不同职称结构，以中青年教师为主的教学与科研梯队，具备坚实的教学理论和专业实践能力，具有丰富的教学经验和计算机工程项目开发经验。
计算机工程系主要承担的课程包括：离散数学、计算机网络、计算机硬件基础、计算机数字逻辑设计、计算机组成原理、微机原理、算法设计与分析、Linux操作系统、Java程序设计、C#程序设计、接口技术及应用、嵌入式系统与开发、计算机专业英语、网络服务器配置与管理、路由与交换技术、信息与网络安全、网络通信术等课程。
计算机工程系已配备了较先进的实验设备和较完善的实验场所，其中南通校区建有软件开发实验室Ⅰ~Ⅳ、网络实验室、微机原理实验室、移动应用开发实验室，海安校区建有计算机软件实验室H1~H9，共计16个实验（训）室，同时还配套建设了较为完善的信息化教学平台、辅助教学软件，为学生的教学、实验、实训等提供保障。
近年来，在计算机工程系全体教师的共同努力下，在教科研成果和学生竞赛方面取得了一些成绩。目前已完成校级以上教科研课题25项，在研市厅级项目9项、校级项目8项，在省级以上刊物上发表教研论文、专业学术论文70余篇。教师指导学生参加省市级以上各级各类竞赛获奖百余项。